Fluorescenční mikroskop, který používá ultrafialových paprsků, z elektrických obloukových lamp nebo ze rtuťových výbojek, tyto vyvolají světélkování předmětu v mikroskopu. Při osvětlení předmětu tímto světlem nedopadajícím do objektivu, lze mikroskopem pozorovat částice průměru asi setiny mikronu, ale nelze rozeznat jejich tvar. Mikroskop interferenční se využívá zejména v technické praxi, např. ve strojírenství. Pro studium optických vlastností krystalů je určen polarizační mikroskop, který má v osvětlovacím zařízení a v tubusu zařazeno dvojí polarizační zařízení (analyzátor, polarizátor), které je otočné kolem optické osy mikroskopu. Stereoskopické mikroskopy nám umožňují pozorovat „trojrozměrný“ plastický obraz. Elektronový mikroskop pracuje s proudem elektronů ve vakuu. Elek tronový mikroskop funguje tak, že na vzorek je poslán tenký svazek elektronů, který dopadá postupně na všechna jeho místa. Odražený paprsek se převádí na viditelný obraz, který se pak vytváří na fluorescenčním stínítku. Ultramikroskop využívá pro zobrazení menších částic místo světelných paprsků proudu elektronů.

Mikroskopem lze pozorovat objekty pro pozorování pod mikroskopy, které se nazývají preparáty. Preparáty pro dětský mikroskop ale i další mikroskopy se umísťují na podložní sklíčko. Tyto preparáty u oblasti botaniky nebo zoologie lze zakoupit jako „trvalé“ i na dalekohledy-puskohledy.cz. Preparáty si lze vyrobit i vlastními silami s použitím podložního a krycího sklíčka, Je to náročnější proces, ale nikoli nezvládnutelný. Pro dětského pozorovatele se tento postup přípravy preparátu může zdát velice zajímavou součástí pozorování a práce s mikroskopem.